С полученного аванса Вы удерживаете НДС. Правильно?
Напишите пример с цифрами, как должена выглядеть результирующая часть счета?
Обычно - сумма без НДС, НДС, Всего.
А с авансом? Сумма без НДС, минус аванс (аванс с НДС или без НДС), сумма НДС (или от этой суммы отнимаем удержанный с аванса НДС).
Вот. Хорошая хотелка!