пока это можно сделать следующим способом:
1) платежка - НДС на таможне:
2) документ расчетов с контрагентом:
3) Сервис -> Корректировка записей регистров накопления

<I><FONT size=1>
Добавлено через 9 мин.
</FONT></I>в итоге и в Декларации и в Приложении все цифирьки показаны: